Une évolution notable est intervenue par un décret datant du 2 avril 1996 qui élabore un nouveau régime disciplinaire au regard des détenus ; ce décret est d'ailleurs intervenu à la suite de l'arrêt d'Assemblée du Conseil d'Etat, Marie, du 17 février 1995.
Plus précisément ce décret prévoit le respect pour le service public pénitentiaire des droits fondamentaux des détenus ; celui-ci constitue par ailleurs le tout premier texte à l'intérieur duquel est retrouvée la notion de droits fondamentaux des détenus.
Il est notamment fait obligation au service public pénitentiaire de se montrer transparent à l'égard des sanctions disciplinaires qui sont infligées en prison et dont les détenus en font l'objet ; ce service public doit donc préciser les motifs qui l'ont amené à prendre de telles décisions. Les détenus sont alors en mesure de pouvoir former un recours contentieux à l'encontre de ces sanctions. Ce décret s'inscrit dans la lignée des dispositions de la Convention européenne des droits de l'homme et de la jurisprudence de la Cour européenne des droits de l'homme. Toutefois, si ces droits fondamentaux sont bien reconnus, il n'en reste pas moins qu'ils doivent impérativement s'inscrire dans une nécessaire conciliation avec le service public pénitentiaire qui doit aussi exercer son pouvoir disciplinaire, notamment pour des raisons sécuritaires.
De nouveaux droits fondamentaux reconnus au bénéfice des détenus
Les détenus sont définis classiquement et par principe comme des individus privé de leur liberté ; toutefois sous ce rapport se pose la question de savoir si la peine dont ils font l'objet se restreint à la seule privation de liberté ou bien ces derniers doivent-ils aussi être privés de leurs droits dont toute personne doit bénéficier ? Déjà, il convient de souligner le fait qu'au XIXe siècle, le sens de la peine a été modifié et a évolué vers une nécessaire réinsertion des détenus, en plus d'une nécessité de punition de leurs comportements contraires à ce qui était attendu de leur part. Par conséquent la prison permet aux détenus de se réinsérer à leur sortie ; or cet objectif implique l'exercice de certains droits fondamentaux même si cette jouissance doit être compatible avec les peines privatives de liberté prononcées à leur encontre.
Il est souvent pris comme exemple les fouilles corporelles et celles-ci ont notamment donné lieu à l'arrêt Frérot et Mouesca, de décembre 2000 à l'occasion duquel le Conseil d'Etat est amené à s'intéresser aux modalités de ces fouilles et s'est intéressé à la question de savoir si celles-ci respectent la dignité des détenus. La Cour européenne des droits de l'homme interviendra par ailleurs dans un arrêt du 12 juin 2007, Frérot c/ France (n°70204/01), dans lequel elle condamne la France pour trois motifs. La Cour avait en effet considéré que ces fouilles soumettent à l'individu des fouilles intégrales ; de même il avait été refusé la correspondance entre les détenus et ce refus est contraire à la Convention européenne ; enfin, ce refus est contraire à la possibilité attribuée à tout détenu d'être en mesure d'effectuer une recours juridictionnel effectif.
La Cour a retenu à cet égard que le régime juridique applicables aux fouilles intégrales doit être contrôlé par le juge administratif et celles-ci doivent être motivées par des circonstances particulières. Les détenus ont droit à un traitement avec humanité et le respect de la dignité, elle-même inhérente à la personne humaine. D'ailleurs, l'article 3 de la Convention européenne de sauvegarde des droits de l'homme et des libertés fondamentales qui prohibe la torture et dispose "nul ne peut être soumis à la torture ni à des peines ou traitements inhumains ou dégradants". C'est sur ce fondement que les juges ont retenu que chaque détenu a droit à des conditions de détention qui doivent respecter la dignité humaine et ce, afin de garantir que les modalités d'exécution des mesures peines privatives de liberté soient conformes à ce que prévoit la Convention.
Les parlementaires français sont intervenus à l'effet de régir les conditions de détention et celles-ci découlent de la loi pénitentiaire n°2009-1436 du 24 novembre 2009. Cette loi permet un certain nombre de droits reconnus aux détenus à l'image, par exemple, de la garantie pour les prisonniers d'user de certains droits au titre desquels peuvent être retrouvés la domiciliation du prisonnier, au sein de la prison, ce qui leur permet in fine d'exercer leur droit de vote ou tenir des papiers d'identité.
Un encadrement juridique particulier du régime disciplinaire en France
Cet encadrement juridique provient principalement de l'arrêt Marie du Conseil d'Etat susmentionné dans la mesure où il permet la mise en conformité du dispositif législatif français avec le droit européen. Cet arrêt a notamment été l'occasion de s'intéresser à la notion de mesures d'ordre intérieur ; les juges du Conseil d'Etat ne l'ont pas fait disparaitre mais ils en ont considérablement restreint les possibilités d'application (pour les punitions à partir du moment où celles-ci n'aggravent pas les conditions de détention des prisonniers).
Les différentes décisions prétoriennes du juge administratif suprême furent confortées par la création du Contrôleur général des lieux de privations de liberté en 2007 ; depuis 2008, cet acteur rend un ensemble d'avis, de rapports qui lui permettent en fait de contrôler l'activité du service judiciaire.